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安捷伦推出新款DNA捕获芯片

2009/8/3/08:37 来源:www.ebiotrade.com

    继溶液型的SureSelect目标富集系统之后,安捷伦公司本月再度推出SureSelectDNA捕获芯片,能轻松打破小型DNA研究中的瓶颈,让科学家只对感兴趣的基因组区域进行测序。

    与上一代产品相似,SureSelectDNA捕获芯片也能从完整基因组中提取用户定义的基因组区域,从而大幅度降低测序费用。两者的区别是:溶液型的SureSelect目标富集系统适用于样品数量上千的大规模高通量测序研究,包括自动化的高通量流程,而捕获芯片则是它的补充,适合小型化的研究。

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    上图概括了捕获芯片的工作原理。片段化的DNA两端加上接头,然后与捕获芯片杂交。目标区域(黄色)就与60聚体的探针结合,之后进行洗涤。杂交和洗涤都在严格的缓冲液中进行,再通过热处理将结合部分洗脱。洗脱后的DNA能进一步扩增,再上样到Illumina的GenomeAnalyzer测序仪上进行测序。SureSelectDNA捕获芯片是为Illumina的测序仪而设计的,不过将操作步骤稍加改动,也能用于其他测序仪。

    在一项合作研究中,安捷伦利用244KSureSelectDNA捕获芯片来捕获乳腺癌相关的外显子区域。利用60聚体的探针大致捕获到0.025%的人类基因组,包括1287个分离的基因组区域,然后释放并测序。最终,在目标区域获得了2700倍的富集。结果验证了SureSelectDNA捕获芯片的有效性。测序读数覆盖了目标区域的99.8%以上,而98%的目标碱基都至少有一次读取。这些结果证实DNA捕获芯片是定向测序的快速有效方案,尤其适合小型研究。

    安捷伦的产品经理FredErnani博士表示:“如果一个实验室正在进行新一代测序,那么安捷伦提供了一系列产品,让实验进行得更快、更好、更经济。SureSelectDNA捕获芯片很适合那些样品数量不多,又需要经济的目标富集工具的研究人员。”

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